കേരളത്തിലെ ആദ്യത്തെ കെമിക്കല്‍ എക്സാമിനേഴ്സ് ലബോറട്ടറി പ്രവർത്തനം ആരംഭിച്ചത് 1890-ലെ സർക്കാർ ഉത്തരവിലൂടെയാണ്. അന്ന് കെമിക്കല്‍ എക്സാമിനേഴ്സ് ലബോറട്ടറി ആരോഗ്യവകുപ്പിനു കീഴിലായിരുന്നു. എന്നാല്‍ 1969 ജൂണ്‍ മാസത്തില്‍ കെമിക്കല്‍ എക്സാമിനേഴ്സ് ലബോറട്ടറിയെ ആഭ്യന്തര വകുപ്പിനു കീഴില്‍ ഒരു സ്വതന്ത്ര വകുപ്പായി സർക്കാർ ഉത്തരവ് ജി.ഒ(എംഎസ്)188/ആഭ്യന്തരം തീയതി 13/06/1969 പ്രകാരം മാറ്റുകയുണ്ടായി. തുടക്കത്തില്‍ തിരുവനന്തപുരത്ത് ഒരു ലബോറട്ടറിയായി പ്രവർത്തനം ആരംഭിച്ച് ഇപ്പോള്‍ എറണാകുളത്തും കോഴിക്കോട്ടും ഓരോ റീജിയണല്‍ ലബോറട്ടറികളും പ്രവർത്തിക്കുന്നു . തെക്കന്‍ ജില്ലകളായ തിരുവനന്തപുരം, കൊല്ലം, കോട്ടയം, ആലപ്പുഴ, പത്തനംതിട്ട എന്നീ ജില്ലകളിലെ സാമ്പിളുകളാണ് തിരുവനന്തപുരം ലബോറട്ടറിയില്‍ സ്വീകരിക്കുന്നത്.

സർക്കാർ ഉത്തരവ് ജി.ഒ(ആർറ്റി)562/79/ ആഭ്യന്തരം തീയതി 14/03/1979 അനുസരിച്ച് എറണാകുളം ലബോറട്ടറിയ്ക്ക് അനുമതി ലഭിക്കുകയും 1989-ല്‍ പ്രവർത്തനം ആരംഭിക്കുകയും ചെയ്തു. എറണാകുളം, തൃശ്ശൂര്‍, പാലക്കാട്, ഇടുക്കി എന്നീ ജില്ലകളിലെ സാമ്പിളുകളാണ് എറണാകുളം ലബോറട്ടറിയില്‍ സ്വീകരിക്കപ്പെടുന്നത്.

സർക്കാർ ഉത്തരവ് ജി.ഒ(ആർറ്റി)562/79/ ആഭ്യന്തരം തീയതി 14/03/1979 അനുസരിച്ച് കോഴിക്കോട് ലബോറട്ടറിയ്ക്ക് അനുമതി ലഭിക്കുകയും 1986-ല്‍ പ്രവർത്തനം ആരംഭിക്കുകയും ചെയ്തു. കോഴിക്കോട്, മലപ്പുറം, വയനാട്, കണ്ണൂര്‍, കാസർഗോഡ് ജില്ലകളിലെ സാമ്പിളുകളാണ് കോഴിക്കോട് ലബോറട്ടറിയില്‍ സ്വീകരിക്കപ്പെടുന്നത്.